Troen på det nye
  Det var ikke blot det, at JPJ nu var ved at modnes, at han var kommet gennem ynglingesorgerne, og at han fik
opgaver, der skabte hans korte lykketid. Det var også det, at han nu kom sammen med begavede unge, der ville
noget nyt. Det gav tillid og kræfter at skulle løse opgaver, der ville skabe ny tid. JPJs ærgerrighed, som han ofte har
tilstået direkte, og som indirekte viser sig oftere, gav kræfter til arbejde og udholdenhed i en grad, som han ikke før
har vist. Af  hans venner var Vilhelm Møller den, der har den største fortjeneste ved at starte ham i sit nye tidsskrift.
Det var JPJs store drøm, der nu skulle gå i opfyldelse, hans botaniske og naturvidenskabelige studier skulle komme
på tryk. Han vidste kort tid efter, at han også videnskabeligt skulle blive anerkendt, for han kunne få guldmedalje,
hvis han nu ordnede sine studier i algerne. Hans sind blev vendt fra nedstemt uro til opstemt tillid. Tvivlen på det gamle blev troen på det nye. Han var ikke mislykket, men en udvalgt.

Naturvidenskaben var det lys, man nu skulle se ved, og det var ham, der tændte det lys. Han skrev artikler om
Charles Darwins naturvidenskabelige syn på tilværelsen. Det var ikke sært, at det var vanskeligt for ham at finde en rolig naturvidenskabelig stil, man mærker i formen den indre kamp med stoffet og med tiden.
  "Kunde jeg overføre Naturens evige Love, Herligheder, Gaader og Undere i Digtningens Verden, da føler jeg, at   mit Værk vilde blive et mer end almindeligt. Men Digtningen vilde ikke blive en kristelig, den ville betragte Biblen   som en Edda og ikke vedkjende sig andre Værker af Guddommen end Naturlovene i videste Udstrækning (...)".
Fra dagbogen den 15. januar 1867.
  Han fik nu aldrig den digtning skrevet, men han oversatte den. Han fandt den i Darwins lære. Her var de store
udsyn i en lovmæssighedens verden, en hel ny verdensopfattelse, der både greb videnskabsmanden og digteren.
Han var en af de første herhjemme, der forstod Darwins tanker og rækkevidden af disse.
I 1870 starter et nyt populærvidenskabeligt tidsskrift "Nyt Dansk Maanedsskrift", et organ for den nye tid, der er
ved at gro frem, redigeret og udgivet af litteraten Vilhelm Møller, som JPJ har lært at kende i Studenterforeningen.
I det første nummer af tidsskriftet debuterer JPJ med artiklen: "Om Bevægelsen i Planteriget".
I dette, "Nyt Dansk Maanedsskrift", offentliggør JPJ i årene 1871-72 ikke mindre end 7 store artikler om: "Darwins Theori", "Menneskeslægtens Oprindelse" og "Parringsvalget" og gør hermed offentligheden bekendt med Charles
Darwins udviklingslære og drager heraf en række konsekvenser for livsanskuelsen. Artiklerne om Darwin vakte
voldsom opsigt. I januar måned 1873 afsluttes rækken med artiklen: "Sindsbevægelsernes Udtryk hos Dyrene".
Efterfølgende oversætter han Darwins to hovedværker til dansk. I 1872  "Arternes Oprindelse" i to bind på over
600 sider og det følgende år endnu to lige så store bind  "Mennesket afstamning og parringsvalget".
Det blev hermed hans afsked med naturvidenskaben.
  Han sluttede venskab med flere yngre botanikere. I sommeren 1870 fik han understøttelse af Botanisk Forening
til en undersøgelse af floraen på Læsø og Anholt. Med utrættelig flid studerede han øernes planteverden og kom
hjem med en fortegnelse over begge øers flora. Hans planer var, at skrive et værk om Danmarks Planteverden.
Samtidig med oversættelsesarbejdet studerede han sine alger, og af dem var det Desmidiaceerne, der havde hans
største interesse. I løbet af foråret og sommeren 1871 besøgte han forskellige moser og åer i Nordsjælland for at
samle materiale til sin afhandling om ferskvandsalger.